Bens Confiscados começa com o suicídio da renomada estilista Isabela Siqueira, testemunhado por seu filho de dezesseis anos, Luís Roberto. Isabela foi amante do senador Américo Baldani, que é pai de Luís. Seu gesto foi conseqüência da relação complicada com Américo, que mal conhece o filho, e das denúncias de tráfico de influência e corrupção feitas por Valquíria Baldani, esposa do senador, contra o marido. O escândalo vira assunto em toda a mídia. Paulo Hermes, assessor e braço direito do senador, leva Luís à força para o sul, para escondê-lo da imprensa e dos adversários políticos do senador, e sobretudo concretizar o sonho do senador, que é recuperar seu único filho varão, a despeito do ódio que este sente por ele.

Serena, enfermeira-chefe de um hospital público no Rio de Janeiro, é convencida por Paulo Hermes a ir para o sul. Ela também foi amante do senador, numa relação nunca formalmente encerrada. Serena chega ao sul, e é levada até a cidade litorânea de Cidreira. Paulo Hermes conta para Serena que o filho do senador está lá, o que a deixa perplexa, pois nunca soube da existência de um filho (homem). Chegam na casa isolada, e Serena conhece o casal de caseiros, Lobo e Penha. Ela encontra Luís Roberto num estado lamentável, dopado e inconsciente. Paulo Hermes tanto insiste que Serena acaba aceitando tratar Luís ali mesmo. Ela descobre que o rapaz apanhou de Lobo, o que gera um conflito entre Paulo Hermes e o caseiro. Paulo Hermes parte, prometendo voltar assim que tudo estiver arranjado.
Aos poucos, Luís vai se recuperando e demonstrando um carinho especial por Penha, o que vai despertando a ira de Lobo. O caseiro se ausenta de casa durante suas visitas à cidade, onde discretamente busca informações sobre quem é o garoto que hospeda. Sua brutalidade com Penha vai aumentando a tensão na casa. Serena tenta impedir a aproximação de Penha e Luís, o que se torna impossível, devido à insistência do rapaz.

A relação de Serena e Luís vai se complicando, e se torna insustentável após uma discussão onde Serena revela que foi amante do senador. Serena pega a caminhonete de Lobo e vai à cidade espairecer. Lê nos jornais que a polícia ligou o suicídio da mãe de Luís com o escândalo envolvendo o senador.

Na plataforma marítima, é cortejada por Miklos, engenheiro de pesca húngaro. Quando Serena chega na casa, Lobo está batendo em Penha e Luís, por tê-los flagrado se beijando. Serena, com autoridade, acaba com a briga, expulsando do recinto Lobo, que nesta altura já soube através de Lutera (uma prostituta) que Luís é filho do senador, e ligou para Paulo Hermes chantageando-o.

Paulo Hermes chega de Brasília, para levar Luís e Serena embora da casa e pagar Lobo. Penha recusa o convite dos dois para partir dali, e se resigna a ficar com o caseiro. Paulo Hermes e Lobo discutem, trocando ameaças, quando o caseiro percebe ter perdido sua “galinha dos ovos de ouro”.
Paulo Hermes leva Serena e Luís para um hotel da cidade, à frente da praia. Ao mesmo tempo, chega ao hotel um grupo de estudantes de pedagogia para participar de um congresso. Michele, uma das estudantes, acha que conhece Luís, que nega. Miklos, o húngaro carente, também está hospedado no hotel, e fica felicíssimo quando vê Serena, que continua o ignorando.

Luís e Serena começam a ficar mais íntimos, com Serena falando de sua vida para Luís, inclusive de sua relação com o senador. Começa a crescer a confiança e o respeito entre os dois. Serena é convidada por Miklos para um jantar no dia seguinte. Michele arma um sensual jogo de sedução para Luís, mas acaba dispensando-o grosseiramente para ficar só com Suzana. Luís se revolta, e Michele responde dizendo que ele é bastardo e filho de corrupto. Luís sai andando desnorteado, e quando chega no hotel, Serena está esperando-o. Ele, em desespero, a abraça e começa a beijá-la. Ela se assusta, livra-se dele, e sobe para o quarto.

Michele continua a incomodar Luís. Serena tenta descobrir o que aconteceu entre eles, e Luís revela o que a estudante disse. Luís tem um acesso de ciúmes quando Serena diz que vai jantar com Miklos. Na televisão da sala de convívio do hotel, Serena e Luís descobrem que o senador Américo Baldani foi cassado.

Serena vai jantar com Miklos. No elegante bistrô, Miklos tenta seduzir Serena com seu charme, goulash e vinho. Na saída, abraça e beija Serena, mas o alarme de seu carro dispara e corta o clima. Apesar dos protestos do húngaro, a noite termina com os dois como bons amigos, com Miklos contando toda a sua vida para Serena. Quando chegam no hotel, Serena descobre que Luís ficou acordado, esperando-a. A solidão e fragilidade de Luis comovem Serena, mas ela ainda o evita.

Terminado o fim de semana, todos os hóspedes do hotel vão embora, ficando só Serena e Luís. Torna-se inevitável o envolvimento dos dois. Paulo Hermes está a caminho de Cidreira. Serena acorda e procura Luís na cama, mas não o encontra. Vai tomar banho.

No quarto de Luís, dois fortes enfermeiros dopam o rapaz, deixando-o inconsciente. Saem carregando-o, sob a supervisão de Paulo Hermes. Quando Serena sai do banho, Paulo Hermes está em seu quarto. Com extrema frieza, paga-lhe regiamente os “serviços prestados”. Acaba com as esperanças dela de ficar com o senador, dizendo que só o filho interessa a ele, e repreende-a, dizendo que não estava nos planos seduzir o rapaz. As atitudes de Paulo Hermes deixam claro que Serena foi enxergada desde o início como alguém cuja ética e afeto tinham preço. Antes que ela tenha tempo de reagir, Paulo Hermes sai rápida e cinicamente do quarto. Serena se veste correndo, mas é tarde. Paulo Hermes já partiu com Luís Roberto.

Serena caminha pela cidade. As ruas estão totalmente desertas. Em certo momento, Serena vê um carro de polícia estacionado ao lado de uma barraca de cocos, com os dois policiais tomando água de coco. Dentro do carro está Penha, algemada e com as roupas sujas de sangue. Ela diz para Serena que agora está livre. O carro parte, e Serena, “esvaziada” por dentro, se descobre fragilizada.

A última imagem do filme é Serena olhando o mar, pequena no enquadramento. Aos poucos ela vai sendo apagada do quadro através de um efeito digital, desaparecendo na paisagem, como metáfora de seu cruel processo de despersonalização.